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北京儿童医院设备先进、设施完善、技术力量雄厚，科室齐全，设有呼吸科、泌尿外科、重症医学科、血液肿瘤中心等35个临床和医技科室。医院拥有国家呼吸系统疾病临床医学研究中心，儿科重症、小儿呼吸、中西医结合儿科、小儿外科和临床护理等5个国家临床重点专科建设项目，还拥有儿童白血病分子分型、小儿耳鼻咽喉头颈外科、儿科呼吸感染等3个北京市重点实验室，北京市儿童外科矫形支具工程技术研究中心以及小儿先天性心脏病中心、小儿实体瘤中心、儿童睡眠疾病中心等1 6个市级医疗中心。在小儿复杂先心病的手术、各类脊柱畸形的矫正、小儿泌尿畸形矫正、腹胸腔镜、急腹症及创伤以及
神经、呼吸、内分泌、肾病、血液透析、耳鼻喉、纤维支气管镜、影像技术等专业疾病的诊断及诊疗设备居国内地位，并率先在国内将儿科就诊年龄扩大到18岁。
多年来，为方便病人，北京儿童医院始终坚持24小时接诊病人，同时开设晚间门诊。为继续深入推动公立医院医疗改革，医院积极推进预约挂号工作，优化服务流程，有针对性地解决了群众反映突出的“看病难、住院难”问题，受到国家卫计委的肯定和广大群众的认可。在完成日常医疗工作的同时，医院还承担了国家卫计委、北京市卫生局委派的手足口病防治、问题奶粉筛查、H7N9禽流感疫情筛查、抗震救灾支援、突发公共事件救援等医疗救治任务。多年来，医院以”以病人为中心，全心全意为儿童服务”为宗旨，大力弘扬“公慈勤和”院训精神，树立医德医风品牌，涌现出全国道德模范、“时代楷模”贾立群同志等杰出代表。
尿道下裂是小儿泌尿生殖系统常见的畸形之一，占北京儿童医院泌尿外科病房收治病人数量的1/3～1/2，每年住院手术1000人次以上，还不包括几位知名专家外出会诊手术的例数。北京儿童医院泌尿外科团队经过近50年、几代人努力，在尿道下裂上积累了丰富经验，在国内水平。是国内收治病人数量多的科室，尤其重度尿道下裂病例占很大比例。