玻璃幕墙也存在着一些局限性，例如光污染、能耗较大等问题。但这些问题随着新材料、新技术的不断出现，正逐步纳入到建筑造型、建筑材料、建筑节能的综合研究体系中，作为一个整体的设计问题加以深入的探讨。
光污染是制造意外交通事故的凶手。矗立在交通繁忙道路旁或十字路口上的一幢幢玻璃幕墙大厦，就像一大块几十米宽、近百米高的巨大镜子，在太阳光下熠熠闪光，并对地面车辆和红绿灯进行反射（甚至是多次反射）。反射光进入高速行驶的汽车内，会造成人的突发性暂时失明和视力错觉，在瞬间会刺激司机的视线，或使他感到头晕目眩，给行人和司机造成严重危害。
玻璃幕墙是不可燃烧的材料，但在烈火面前，它可以融化或软化，在烈火中只用很短的时间就会发生玻璃破碎，因此在建筑设计中要充分考虑建筑的防火要求。
幕墙因长期受自然环境的不利因素，结构胶易老化、失效，造成玻璃幕墙坠落。那么在设计时应尽量采用明框或者半隐框玻璃幕墙，因为即使结构胶失效，由于框架的支撑和约束，也会大大降低玻璃坠落的几率。
幕墙的重要组成部分是玻璃，而玻璃又是易损件，因此管理和保护十分重要。
在保存的地方广泛的流通空气是必要的。尤其是在高温及循环温度周期内更应注意。如果条件不允许将它们存放在室内，那么应该用防水油布或塑料覆盖起来，以防风吹入的雨及流入的水，并且应定期打开罩布检查是否水气凝结。