单位规模大、经济业务多、财务收支量大、在经营管理上要求高的单位，一般应该单独设置会计机构并配备专职的会计人员，以便及时组织本单位各项经济活动和财务收支的核算，实行有效的会计监督，以保证会计工作的效率和会计信息的质量。

财务软件需要到财政局备案方可使用，有的代理记账单位没有采用财政部批准的财务软件来替代手工记账。

会计资料交接麻烦、不够规范。代理记账单位在接受委托单位的会计原始凭证及资料时，没有办理交接手续，发现遗失或毁损时无法查找。

代理记账机构的数量在不断增加，但整体规模普遍较小，代理业务范围不宽。真正能提供受托单位会计核算、税收筹划、纳税申报、内部审计、工商税务注册年检、财税咨询等会计服务的机构很少。

代理记账机构必须有3名以上持有会计从业资格证书的专职从业人员，且主管代理记账业务的负责人必须具有会计师以上专业技术职称资格。但实际执行中，相当部分的代理记账机构不符合此规定。