无菌室应保持清洁整齐，室内仅存放必须的检验用具如酒精灯、酒精棉、火柴、镊子、接种针、接种环、玻璃铅笔等。&不要放与检测无关的物品。室内检验用具及凳桌等保持固定位置，不随便移动。每2—3周用2%石炭酸水溶液擦拭工作台、门、窗、桌、椅及地面，然后用3%石炭酸水溶液喷雾空气，后紫外灯半小时。
接种针每次使用前后，必须通过火焰燃烧，待冷却后，方可接种培养物 。带有菌液的吸管、试管等器皿应浸泡在盛有5%的来苏儿溶液的桶内，24h 取出冲洗;培养皿则需在高压器中重新后方可处理营养基，切记不要直接冲入下水道中，防止阻塞。如有菌液洒在桌上或地上，应立即用 5%石碳酸溶液或 3%的来苏儿倾覆在被污染处至少 30min，再做处理，工作衣帽等受到菌液污染时，应立即脱去，高压蒸汽后洗涤 。
无菌室使用前必须打开无菌室的紫外灯辐照30分钟以上，并且同时打开超净台进行吹风。操作完毕，应及时清理无菌室，再用紫外灯辐照30分钟。 供试品在检查前，应保持外包装完整，不得开启，以防污染。检查前，用75%的酒精棉球外表面。 每次操作过程中，均应做阴性对照，以检查无菌操作的可靠性。 吸取菌液时，必须用吸耳球吸取，切勿直接用口接触吸管。 接种针每次使用前后，必须通过火焰灼烧，待冷却后，方可接种培养物。 带有菌液的吸管，试管，培养皿等器皿应浸泡在盛有5%来苏尔溶液的桶内，24小时后取出冲洗。 凡带有活菌的物品，必须经后，才能在水下冲洗，严禁污染下水道。
在获得了无菌环境和无菌材料后，还要保持无菌状态，才能对某种特定的已知微生物进行研究或利用它们的功能，否则外界的各种微生物很容易混入。外界不相干的微生物混入的现象，在微生物学中叫做污染杂菌。