洁净生产区应按生产流程及相应洁净用房等级要求合理布局。生产线布置不应造成往返交叉和不连续。生产区内有相互联系的不同房间之间应符合品种和工艺的需要，必要时应有缓冲室等防止交叉污染的措施，缓冲室面积不应小于3m2。原料前处理不得与成品生产使用同一洁净区域。生产车间内应划出与生产规模相适应的面积和空间作为物料、中间产品、待验品和成品的暂存去，并应研发交叉、混淆和污染。
物品存放有序，生产所用手推车、原料和清洗工具等，在未使用时应存放在适当的区域，同时将相应区域带分类标识；
在净化车间内禁止使用非净化用品，如有必要使用，应将非净化用品置于回风附近；
检验后的成品应整齐地堆放在指定区域，用标识带做好标识，统一由出货缓冲区送出车间。
食品厂净化车间常用的剂
1、甲醛薰蒸作用机制：阻抑菌细胞核蛋白质合成。甲醛是一种常用的杀和杀剂。福尔马林溶液就是37—40%的甲醛水溶液。常用于保存动物标本，也可以作气体熏蒸和液体。甲醛有挥发性，对眼睛、皮肤有刺激性，引起皮肤硬化或皱褶，不宜做皮肤用。
2、0.1%新洁尔灭溶液作用机制：使蛋白质变性，破坏细胞膜。
3、75%酒精溶液常用于皮肤。能迅速杀死繁殖体，对一般病毒有一定的作用。
4、5%来苏水甲酚皂溶液作用机制：损伤细胞膜 。
热力：分为干热与湿热，主要是利用高温的致死作用，使微生物的蛋白质和核酸等重要生物高分子发生变性、破坏，而导致细胞死亡。
气体：常用的化学剂有环氧乙烷、气态过氧化氢、甲醛、臭氧（O3）等，本法适用于在气体中稳定的物品。