办理流程
一、保函申请
1申请人填写开立保函申请书或开立保函合同；
2申请人提交保证金或其他反担保；
3申请人提交合同相关的基础材料；
4.申请人提交银行要求的其他相关开立保函所必需的材料。
总结：预付款保函就是甲方为了防止乙方拿了预付款不干活而找银行做出的一种担保，一旦乙方违约，甲方就可以拿着预付款保函找银行赔偿。
预付款保函在国际承包业务中使用时，是由承包人通过银行向业主提供。保证书规定，如申请人不履行他与受益人订立的合同的义务，不将受益人预付、支付的款项退还或还款给受益人，则由银行向受益人退还该款项。
办理工程保函存在的主要问题
1.在投标或签订合同时不被重视，也就是保函的可实施性不被重视。保函作为担保的一种，其主要功能是保障受益人在对方违约情况下的权益，承包方一旦违约，业主可以以开具的保函索赔，从承包方银行账户上把资金划走。
2.在投标或签订合同时没有考虑办理保函的成本和风险。目前业主要求提供的工程保函大部分是银行为担保人的银行保函，企业向银行提出申请办理银行保函需要交纳一定比例的保证金，这部分保证金只有在银行保函退还给银行以后才能使用，这无形当中影响了企业的现金流量，增加了支付风险，同时企业的机会成本增大；银行保函与银行商业信用相关联，一旦违约，将会损害到企业的银行信用，从而影响到其后续的融资、经营等经济活动，这样就会产生与损害建筑市场信用类似的后果。
3.在签订合同时没有规范保函的内容。工程双方应该在合同招投标阶段即约定好担保书的格式、内容等，特别是索赔程序和保函有效期约定。在招投标阶段即开始规范保函可以使投标人提前对保函能否响应进行自我评估，合同签订后，双方不得再对其做实质性的更改。坚决避免合同谈判时甚至合同签订后才讨论担保的事宜。
4.在签订合同时合同条款不对等。承包方在提供工程履约保函给业主时，业主也应该相应地提供给承包方付款保函，目前国内签订的工程合同大部分只约定了承包方需向业主提供履约保函，而没有约定业主需向承包方提供付款保函。
投标保函，是指在招投标中，招标人为保证投标人不得撤销投标文件、中标后不得无正当理由不与招标人订立合同等。要求投标人在递交投标文件时一并提交的由银行出具的书面担保。
概括讲，投标保函的主要目的就是为了为保证投标人权益。
投标人递交了投标保函，在投标中，就得按照规定履行招标文件里的义务：包括在标书规定的期限内，投标人投标后，不得中途撤标、不得修改原报价；投标人中标后，必须与招标人签订合同，并在规定的时间内提供银行的履约保函。
若是投标人未按照要求履行上述义务，则提供担保的银行在受益人提出索赔时，须按照保函规定履行赔偿义务。