无菌室外要设一个缓冲间，错开门向，以免气流带进杂菌。无菌室和缓冲间都必须密闭、室内装备的换气设备必须有空气过滤装置。在获得了无菌环境和无菌材料后，只有保持无菌状态，才能对某种特定的已知微生物进行研究。
无菌定义是要求没有活体微生物的存在，为了达到无菌车间内没有活体微生物，无菌车间在产品制造过程中需要采取各种方法来去除制品中原有的微生物和防止制品受到微生物的污染。那么，在无菌车间中，使空间内达到无菌要求，就是室内环境控制的重点。控制微生物的生长、杀灭或去除微生物的方法通常有两种，一种为化学类，另一种为物理类。其中，化学方法有化学剂、气化双氧水、臭氧和环氧乙烷等；物理方法有湿热或干热、辐射和过滤等。
无菌容器和密封件以及灌装封口作业的局部暴露区域内空气的洁净度应达到100级要求，该洁净度下每立方米空气中含有≥0.5靘的粒子数应不得过3500个，空气浮游菌的含量应不得超过5CFU/m3。
无菌操作区域内的100级洁净区内的空气在其使用点处应经过滤器过滤后呈单向流态（层流）输送，流速应满足空气以活塞的方式吹除灌封区内的悬浮粒子的需要。
无尘无菌包装分成大包装和小包装两种，前者包装容量为5-220L ，可到1000L，主要供食品厂家进行分装销售;后者包装容量为70-1200ml，供市场销售，直接供应消费者。
无尘无菌包装包括包装材料的无尘无菌、包装产品的无尘无菌、包装环境的无尘无菌和包装后完整封合四个要素.“无尘无菌”表明了产品中不含任何影响产品质量 的微生物,“完整封合”表明了经过适当的机械手段将产品封合到一定容积的包装内,能防止微生物和气体或水蒸汽进入包装。