净化空调系统没有清扫干净
在施工过程中，整个净化空调系统，尤其是送、回风管道都不是一次完成，施工人员和工环境都会造成通风管道和过滤器的污染。如不清洁干净，将直接影响检测结果。改进措施是，边施工边清洁，面前一段管道安装完成清洁后，可用塑料薄膜密封，避免环境等造成的污染。
房间需要密闭
无论正压或负压实验室，维护较高洁净度的设备运行效果需要良好的密闭性作为保证。正压实验室压力高于室外大气压，可以防止室外大气颗粒进入。但负压实验室则室外大气颗粒非常容易经过建筑不严密处向内渗透，需要靠实验室严密性和负压梯度来确保工作区洁净。
过滤装置性能
室内空气净化主要靠过滤装置，经过优良的过滤器可以保证向室内输送洁净空气。对5μm以上颗粒滤除效果达到99、99%以上，可有效去除空气中的各种颗粒，否则不能保证对微生物的洁净效果。
足够的换气次数
由于洁净实验室内人员及操作活动，可以不断产生尘埃和颗粒，这些颗粒需要不断的换气将其带走，如果没有足够的换气量，将会使室内颗粒浓度越来越高。
合理的气流组合
洁净实验室内的主要工作区处于洁净空气的上游方向，使得工作区域保持洁净状态。洁净室气流有层流（单向流）和乱流（非单向流）两个基本形式。层流洁净室自净能力强，涡流少，易保持洁净度；乱流洁净室涡流多，粒子在室内停留时间长，不适合高洁净度实验室。