根据冷藏集装箱材质，冷藏集装箱可以分为铝质冷藏集装箱和钢质冷藏集装箱。由于铝质冷藏集装箱的成本比较高，且容易损坏，维修费用高，所以在2000年后逐渐被淘汰，主要生产钢质冷藏集装箱，在SHSCRC（COM）可以看到相关图片。

此外，有一种低压冷藏集装箱与气调冷藏集装箱类似，这种集装箱是将果蔬置于低压环境中进行储运。箱内压力为1333～10666 Pa，相对湿度90%～95%，温度一2℃～+16℃。氧的含量为（0.1±0.03）%，要进行换气，以便限制乙烯和 等有害气体。低压冷藏集装箱由制冷系统、真空系统和动力系统组成。制冷系统用于降低温度；真空系统用于排除箱中的空气和水汽；动力系统用于柴油发电，供集装箱用电。

机械式冷藏集装箱也有一些缺点：如设备复杂、初始投资大、维修费用高；箱内温度梯度要大于液氮冷藏集装箱；箱内需设风机、风道系统，会增加箱内货物的干耗、脱水。

冷藏集装箱是指具有隔热的箱壁（包括端壁和侧壁）、箱门、箱底和箱顶，能阻止内外热交换的集装箱。冷藏集装箱包括耗用冷剂式冷藏集装箱、机械式冷藏集装箱、制冷/加热集装箱、隔热集装箱以及气调冷藏集装箱等。